La Universidad Nacional de Colombia inició labores en la ciudad de Palmira en enero de 1946, tras la incorporación como Facultad de la Escuela Superior de Agricultura Tropical, por medio de la Escritura No. 69. La entonces denominada Facultad de Agronomía del Valle del Cauca se constituiría posteriormente en la actual Sede Palmira, centro de desarrollo de la educación agrícola en el Occidente colombiano.

La Facultad de Agronomía adquiere entonces los mismos derechos y obligaciones estipulados para todas las unidades docentes que conforman la Universidad y queda sometida a sus estatutos. En la Escritura de incorporación se dictamina que la Facultad debe funcionar como una dependencia bajo la dirección administrativa y docente de la Institución y en la misma condición e igual categoría que las demás facultades que integran la Universidad Nacional. En adelante, la Facultad evolucionaría al mismo tiempo que la Universidad y sus disposiciones en materia administrativa y académica, también se convertirían en sus directrices.